Dans l'Antiquité, la ville porte le nom grec de Neapolis qui est composé de nea (nouvelle) et polis (cité). C'est ainsi que l'appellent les Grecs puis les Romains. La fondation de la ville remonte à au moins 2400 ans. Le grec Thucydide la qualifie, à la fin du VIIe siècle av. J.-C., de comptoir carthaginois et lui confère le titre de ville d'Afrique du Nord la plus anciennement mentionnée par les textes après Carthage.

Durant la guerre du Péloponnèse en 413 av. J.-C., qui oppose Sparte à Athènes, les soldats de Sparte embarquent sur des navires qui s'échouent sur les côtes de Cyrénaïque. Les citoyens de Cyrène décident de les aider et leur fournissent des embarcations et des pilotes. Ils font escale dans une ville du nom grec de Neapolis. C'est à cette occasion que l'histoire enregistre, pour la première fois, le nom antique de Nabeul. En 148 av. J.-C., Neapolis paie sa fidélité à Carthage. En effet, la ville est prise et détruite par le général romain Calpurnius Pison. Au début de l'occupation romaine, Neapolis sombre dans le déclin et l'oubli pendant près d'un siècle. De plus, avec la conquête arabe, les Byzantins détruisent la ville. Dès le XIIIe siècle, cette ville connaît une renaissance qui a pour conséquence une certaine prospérité économique. Avec le protectorat français, instauré en 1881, les Nabeuliens s'opposent fortement à l'installation des entreprises coloniales et démontrent un fort attachement à la culture de la terre.

La ville de Nabeul est l'une des premières villes de Tunisie, en 1909, à engager une généralisation de l'enseignement et à émanciper la femme avec la création d'une école primaire pour les jeunes filles musulmanes. Le mouvement nationaliste, appuyé par des intellectuels locaux, voit la naissance de la cellule locale du Néo-Destour en 1936.